Está situada sobre el río Arga, junto a la acequia del Molinar. Extinguida en el siglo XVIII, sirvió de fuerte en la primera guerra carlista. La Virgen del Pero fue durante once siglos la patrona de Peralta y se celebraba la romería a la ermita el 15 de agosto.
Nos cuenta la tradición como allá por el año 840 Iñigo Arista tenía cercada la Villa de Peralta que se encontraba en poder de los moros y bien fortificada por lo elevado de su construcción (el Atalaya). Después de mucho tiempo el rey determinó levantar el sitio y retirarse. Aquella noche, sigue la leyenda, se le apareció la Virgen encima de un “pero” diciéndole ” Desiste de tu determinación; los sitiados carecen de vituallas y dentro de breves días tendrán que rendirse. Una imagen mía, que se te mostrará inesperadamente, será la señal de la próxima ocupación de la plaza”.
Así fue. Los moros sin medios para subsistir huyeron a La Rioja. Coincidiendo con la huída. La Virgen se manifestó sobre un pero, en forma de preciosa imagen, a Iñigo Arista, quien en agradecimiento, mandó construir en el lugar una ermita para Santa María, adjudicándole además, el título de patrona y protectora de Peralta. Incluso el Papa Clemente IX concedió gracias especiales a todo el que visitara la citada ermita.
En el año 1835 fueron desmontados todos los retablos de su ermita y llevados a la Iglesia de San Miguel. Más tarde, al convertirse su Basílica en lugar defensivo durante las guerras carlistas, ésta fue demolida.
Hoy en día se pueden apreciar los cimientos en su perímetro propio de la Basílica de la Virgen. Se levantaba junto al puente, en la orilla izquierda del Arga, al lado de la acequia del Molinar.